やむを得ない事情があったとはいえ、死神が人間に力を与えるのは死神の世界・尸魂界（ソウル・ソサエティ）では重罪だった。ルキアは一護に霊力を与えた罪で現世に派遣された使者に連行され、それを阻止しようとした一護も死神の力を失ってしまう。一護はルキアを助けるため自身に眠る死神の力を覚醒させ、人語を繰る謎の黒猫・夜一に先導され、同級生である井上織姫・茶渡泰虎（チャド）・石田雨竜とともに尸魂界へ潜入する。
一護たちは門番・兕丹坊を退け、死神の活動拠点・瀞霊廷に侵入を試みるが、三番隊隊長・市丸ギンの妨害で失敗。だが夜一の友人である花火師・志波空鶴の協力により、空鶴の弟・岩鷲とともに瀞霊廷へ強行侵入を果たす。侵入の際に離散してしまった一護らは個々に死神と交戦することになる。そんな中、一護と岩鷲はルキアを助けたいと願う四番隊隊員・山田花太郎と偶然知り合い、彼の案内でルキアがとらわれている懺罪宮を目指すが、そこへ六番隊副隊長・阿散井恋次が立ちはだかる。
一方、瀞霊廷ではもう一つ重大な事件が起こっていた。ルキアの処刑に疑問を抱いていた五番隊隊長・藍染惣右介が何者かに暗殺されたのである。